Na čelo hrvatske države formalno je došao krajem svibnja 1990., kada je na prvoj sjednici višestranačkog Sabora izabran za predsjednika Predsjedništva, a predsjednik Republike postao je 26. lipnja iste godine. Nakon prvih višestranačkih izbora ubrzano je radio na organizaciji države i njezinu međunarodnom priznanju.

Pod Tuđmanovim vodstvom Hrvatska je postala neovisna država, oduprla se agresiji JNA, oslobodila okupirana područja i ostvarila suverenitet na cijelom teritoriju.

Hrvatski građani povjerenje Tuđmanu iskazali su na prvim neposrednim predsjedničkim izborima 1992. godine, a potom i na predsjedničkim izborima 1995. Drugi predsjednički mandat nije završio, nakon teške bolesti umro je 10. prosinca 1999. godine.

O njegovom političkom djelovanju postoje različite ocjene, kritičari mu zamjeraju autoritarnost i manjak sluha za političke neistomišljenike, a najžešće ga optužuju za pokušaj podijele BiH s Miloševićevom Srbijom. Tuđmanovi zagovornici tvrde da je prema BiH vodio politiku zaštite interesa hrvatskog naroda.

No, unatoč različitim ocjenama, gotovo deset godina koje je proveo na vlasti mnogi nazivaju Tuđmanovim razdobljem. Tuđman je utemeljitelj Hrvatske demokratske zajednice, kojoj je bio na čelu sve do kraja života.