Pole position na mokrom i pomalo maglovitom Fujiju pripao je Lewisu Hamiltonu koji je u posljednjem pokušaju oborio provizorno najbolje vrijeme koje je tijekom cijele finalne runde držao Fernando Alonso.

Nakon drugoplasiranog Španjolca slijedi Ferrarijev dvojac, Kimi Raikkonen i Felipe Massa.

Treći startni red zauzeli su sunarodnjaci Nick Heidfeld i Nico Rosberg, koje prate Jenson Button i Mark Webber. Zahvaljujući kišnim uvjetima na stazi, Sebastian Vettel se uspio probiti do vrlo visokog devetog mjesta ispred Roberta Kubice čiji je zaostatak za vodećim Hamiltonom dosegao gotovo pune dvije sekunde.

U prvom dijelu kvalifikacija ispali su: Rubens Barrichello, Alex Wurz, Anthony Davidson, Adrian Sutil Takuma Sato i Sakon Yamamoto.

Na samom kraju prvog dijela kvalifikacija Yamamoto i Ralf Schumacher, koji je se uspio probiti u drugu kvalifikacijsku rundu, sudarili su se na kočenju u zavoj. S obzirom da je Toyotin bolid zadobio znatna oštećenja, Ralf nije mogao postaviti službeno vrijeme u idućoj rundi.

U drugom dijelu kvalifikacija, kiša je popustila. Vozači koji se nisu uspjeli kvalificirati bili su: Giancarlo Fisichella, Heikki Kovalainen, David Coulthard, Jarno Trulli, Vitantonio Liuzzi i Ralf Schumacher koji nije izašao na stazu.