Veliku pomoć je Vettel dobio od Lewisa Hamiltona koji je "zakasnio" ući u zadnji brzi krug te su ga na samom kraju kvalifikacija prestigli Vettel i Button. Drugi Red Bull, onaj Marka Webbera, kreće u utrku sa (ne) lošeg šestog mjesta. Iznenađenje je i Kamui Kobayashi koji će startati kao deseti i Bruno Senna kao osmi.

U prvom dijelu kvalifikacijskog treninga (Q3) vodio je Alonso (Ferrari) sa vremenom 1:32.817 sve dok ga nisu dvije minute prije kraja prestigli prvo Sutil (Force India-Mercedes) a potom prvo mjesto preuzima domaći vozač Kamui Kobayashi u Sauberu. Alonso je završio na trećem mjestu, slijedio je Lewis Hamilton ma četvrtom mjestu sa zaostatkom od 2 desetinke. Peti je završio Vitaly Petrov u Renaultu a Sebastian Vettel je svoju nemoć u kvalifikacijama pokazao i tek sedmim vremenom u Q3. Na kraju prvog dijela (ne)očekivano su ispali momčadski kolege iz Lotusa Heikki Kovalainen i Jarno Trulli, D'Ambrosio i Timo Glock (Virgin), Ricciardo (HRT), Rosberg (Mercedes GP) i Vitantonio Liuzzi (HRT). Uz napomenu da Rosberg zbog kvara hidraulike te Liuzzi nisu zabilježili vrijeme na prvom dijelu kvalifikacija. Gotovo svi vozači odvezli su prve kvalifikacije na tvrđoj komponenti guma a jedino Kamui Kobayashi i Sutil su vozili na mekšim gumama što dijelom i objašnjava njihova dva vodeća mjesta. Bolid Bruna Senne su njegovi mehaniačri uspjeli osposobiti za kvalifikacijski trening i on je prošao u drugi dio kvalifikacija.

Drugi dio kvalifikacijskog treninga za VN Japana poveo je vodeći u Svjetskom prvenstvu Sebastian Vettel (Red Bull) dok se drugi Red Bull Marka Webbera smjestio na treće mjesto. Potom Hamilton vozi 1:31.139 i probija se na prvo mjesto. Na treće mjesto probija se Button dok Webber pada na četvrto a slijede ga Alonso i Massa u Ferrarijima. Bivši sedmerostruki prvak M. Schumacher (Mercedes GP) se smjestio na sedmo mjesto a vrlo dobri Petrov u Renaultu na osmo. Zadnja dva mjesta za prolazak u finalni dio kvalifikacija zauzeli su Bruno Senna (Renault) i domaći heroj Kamui Kobayashi u Sauberu. U drugom dijelu kvalifikacija "zapeli" su Sutil i Di Resta iz Force India-Mercedesa, Barrichello i Maldonado (Williams), Buemi i njegov momčadski kolega Alquersuari iz Toro Rossa i Sergio Perez za momčad Saubera.

Treći dio kvalifikacija krenuo je vodstvom Japanca Kobayashija u Sauberu koji je vozio na tvrđim gumama i vjerojatno će ići na jedno zaustavljanje manje u boksu na sutrašnjoj utrci. Vodstvo miljenika domaće publike trajalo je toliko dugo dok ga nisu preskočili Hamilton koji se smjestio na vodeće mjesto sa vremenom 1:30.617. Drugo mjesto uhvatio je u drugom McLarenu Jenson Button a Vettel je dohvatio treće mjesto ispred svog momčadskog kolege Marka Webbera.

Sam kraj kvalifikacija obilježilo je kašnjenje do tada vodećeg Hamiltona u zadnji krug za samo sekundu ili dvije. A to je iskoristio Vettel koji je odvezao najbrže vrijeme kvalifikacija 1:30.466 i osigurao 12. pole-position ove sezone a ukupno 15. najbolje startno mjesto za momčad Red Bulla. Na drugo mjesto se u zadnjem krugu probio McLarenov Jenson Button, Hamilton je "izguran" na treće mjesto a kraj njega će startati Felipe Massa iz Ferrarija. Treći startni red osigurali su Alonso na petom i Webber na šestom mjestu. Četiri preostala vozača koja su prošla u zadnji dio kvalifikacija nisu odvezla ni jedan brzi kruga pa startaju redom kako su se plasirali u Q3. Sedmi i osmi u utrku startaju Michael Schumacher i Bruno Senna a peti startni red je rezerviran za Vitalya Petrova i Kamuija Kobayashija.

Rezultati kvalifikacijskog treninga VN Japana-Suzuka:

1. Sebastian Vettel (Nje/ RBR-Renault) 1:30.466

2. Jenson Button (VB/ McLaren-Mercedes) +0.009

3. Lewis Hamilton (VB/ McLaren-Mercedes) +0.151

4. Felipe Massa (Bra/ Ferrari) +0.338

5. Fernando Alonso (Špa/ Ferrari) +0.420

6. Mark Webber (Aus/ RBR-Renault) +0.690

7. Michael Schumacher (Nje/ Mercedes) - nije izlazio u Q3

8. Bruno Senna (Bra/ Renault) - nije izlazio u Q3

9. Vitaly Petrov (Rus/ Renault) - nije izlazio u Q3

10. Kamui Kobayash (Jpn/ Sauber) - nije izlazio u Q3