Osim prednosti, ovaj uređaj će za neke ljude imati i nedostatke, pogotovo ako se krivo namjesti. Tako će kod osoba koje imaju suhi kašalj ili pak probleme sa suhom kožom, ovaj uređaj napraviti više štete nego koristi.

Jednako tako, odvlaživač zraka nije toliko potreban po zimi, kada je zrak suh zbog stalnog grijanja i kada je zapravo poželjnije vlaženje zraka.

S druge strane postoji još jedan problem. Ako se ne čisti, može doći do pojave plijesni i gomilanja bakterija u spremniku s vodom. U nekim slučajevima se pore plijesni onda mogu i vratiti natrag u zrak koji udišete. Kako biste bili sigurni da do ovoga ne dođe, čistite redovito odvlaživač i to pomoću posebnog sredstva ili pomoću sredstva na bazi klora koji će ubiti plijesan i bakterije.