Europska komisija je najeuropskija institucija koju često nazivaju i Vladom EU

Sastoji se od predsjednika i povjerenika koji dolaze iz 27 zemalja članica i oni svi zajedno djeluju kao jedinstveno tijelo.  Svaki povjerenik ima jedan ili više resora za koje je zadužen, a pomaže im Kabinet čiji se šefovi sastaju i pripremaju sjednice (slično COREPERU). Povjerenike biraju Vlade država članica prema vlastitim kriterijima. Mandat im traje 5 godina (obnovljivo) i poklapa se s mandatom EU Parlamenta.

Nakon izbora i konstituiranja novog EU Parlamenta imenuju se novi članovi Europske komisije kako bi Parlament imao utjecaj na izbor i rad Komisije. EU Parlament može u svakom trenutku raspustiti Komisiju na način da joj izglasa nepovjerenje, ali ne može smjenjivati pojedine povjerenike.

Predsjednika bira Europsko vijeće nakon što Vlade država članica konsenzusom utvrde kandidata, a izbor potvrđuje EU Parlament. Ovu istaknutu dužnost i nakon izbora za EU Parlament, 7.lipnja 2009. obnašat će Jose Manuel Durao Barosso iz Portugala koji je dobio podršku svih zemalja članica i najjačih političkih grupacija novog saziva Parlamenta.

 

U nadležnosti je Europske komisije pripremanje i predlaganje propisa koje šalje drugim nadležnim tijelima (Vijeću EU i EU Parlamentu) na odlučivanje (pravo zakonodavne inicijative). Komisija ima ulogu i u vanjskoj politici Unije, u prvom redu u koordinaciji financijske i tehničke pomoći državama Srednje i Istočne Europe, u vođenju pregovora za primanje u članstvo novih država, te kao trgovinski pregovarač Unije. Budući da je Komisija tijelo koje predstavlja interese građana EU u svom je radu nezavisno od utjecaja država članica. Stoga Komisiju nazivaju i "čuvaricom ugovora" koja brani opće interese Unije. Komisija ima važnu nadzornu ovlast u odnosu na države članice jer ih može tužiti Europskom sudu pravde za povrede odredbi osnivačkih ugovora, iako u praksi to vrlo rijetko čini.

Komisija danas u svojim upravnim strukturama zapošljava oko 23.000 stalnih zaposlenika, te oko 8.500 vanjskih suradnika (stručnjaka za određena područja, mladih suradnika i sl.). Rad Komisije odvija se na tri službena jezika: engleskom, francuskom i njemačkom. Sjedište joj je u Bruxellesu. Temeljna zadaća Europske Komisije u sljedećem razdoblju bit će dovršenje posla oko ratifikacije Lisabonskog ugovora u svim državama članicama ukoliko Irci kažu "da" na ponovljenom referendumu 2.listopada ove godine.