Jedan od najvažnijih faktora koji su doveli do korupcije je nepostojanje odgovarajućeg nadzora, standardiziranih postupaka i suradnje Sveučilišta i sastavnica sa studentima i nadležnim državnim tijelima

Ekspertna skupina koju je imenovao Senat Sveučilišta u Zagrebu izradila je izvješće o provedbi akcije Indeks iz stručnog, pravnog i etičkog kuta te došla do zaključka da je bilo kršenja ustavnih prava privođenih pojedinaca

Skupina koja su sačinjavali profesori Smiljana Leinert-Novosel, Ivo Josipovć, Alan Uzelac te studentica Elvira Natour smatra da je jedan od najvažnijih faktora koji su doveli do korupcije nepostojanje odgovarajućeg nadzora, standardiziranih postupaka i suradnje Sveučilišta i sastavnica sa studentima i nadležnim državnim tijelima te preporučuju da se usvoje kriteriji i postupci uz pomoć kojih bi se u najvećoj mogućoj mjeri spriječila korupcija i svaki drugi oblik neetičkog postupanja nastavnika, osoblja, ali i studenata.

Smiljana Leinert Novosel navela je kako je skupina zaključila da je akcija Indeks provedena zakonito. Međutim, istaknula je pojedine aspekte akcije u kojima nisu pošteđeni ostali ni pravosuđe ni policija ni mediji.

'Pravosuđe je i u akciji Indeks izrazilo slabosti karakteristične za funkcioniranje cijelog hrvatskog pravnog sustava. To uključuje i postupanje s osobama lišenim slobode poput sporosti postupanja i standard smještaja', kazala je Leinert Novosel. Policija je prozvana zbog nekih aktivnosti za koje ekspertna skupina smatra da su bile nepotrebne pa i smiješne poput ulaska na sveučilište s oružjem, privođenja pred studentima ili odnošenja monitora. Mediji su prozvani zbog pretjeranog senzacionalizma te su, smatraju eksperti, kršili pravo pojedinaca na privatnost i narušavali na nerazmjeran način ugled pojedinih nastavnika i Sveučilišta. Posebno onih za koje je kasnije utvrđeno da nisu sudjelovali u koruptivnim aktivnostima. Kad se prvotni val smirio, praćenje slučaja Indeks postalo je medijski znatno bolje te je pažnja usmjerena na pojedince i proces.

'Treba inzistirati na odgovornosti onih koji su omogućili medijima da prisustvuju uhićenjima, jer te radnje nisu prema postojećim propisima javne naravi te su tako omogućili disfamaciju osoba za koje se tek trebala utvrditi eventualna krivnja', rekla je Leinert-Novosel.

Također su zaključili da je i Sveučilište odmah po izbijanju afere trebalo odlučnije nastupiti i spriječiti 'demonizaciju' akademske zajednice.

'Učinio sam što sam mogao, ali sam svjestan da to nije bilo dovoljno', izjavio je rektor Aleksa Bjeliš.

Na kraju je rečeno da će se konačne ocjene akcije Indeks moći dati tek nakon pravomoćnih presuda.